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Contabilidad para farmacias y droguerías en Colombia: guía práctica para pymes en 2026

contabilidad en farmacias en Colombia

Índice

Llevar la contabilidad para farmacias o droguería en Colombia tiene una complejidad que no tiene ningún otro tipo de comercio: el IVA de los productos que se venden bajo el mismo techo puede ser del 19 %, del 0 % o no causar IVA en absoluto — y la clasificación correcta depende no del nombre del producto sino de su partida arancelaria. Equivocarse en esa clasificación genera sanciones de la DIAN que ninguna droguería pequeña puede absorber fácilmente. Esta guía explica cómo funciona el régimen de IVA para medicamentos en Colombia, cómo controlar el inventario por lote y vencimiento, y cómo calcular el margen real de cada categoría de producto.

¿Por qué la contabilidad de una farmacia es diferente a la de cualquier otro comercio?

La mayoría de los negocios de comercio en Colombia tienen un tratamiento de IVA relativamente uniforme: casi todo lo que venden está gravado al 19 %. Una farmacia no. Dentro del mismo establecimiento coexisten al menos tres regímenes de IVA distintos: medicamentos exentos (tarifa 0 %), productos gravados al 19 % como cosméticos y aseo personal, y productos con tratamiento especial que requieren verificación de partida arancelaria.

Además del reto tributario, el inventario de una farmacia tiene una particularidad que no existe en ningún otro comercio: los productos tienen fecha de vencimiento y número de lote que deben ser trazables en todo momento. Un medicamento vencido que llega al cliente puede generar una sanción del INVIMA y comprometer la habilitación del establecimiento.

Los ingresos de una farmacia: cómo registrarlos por categoría

Categoría de ingresoEjemplosTratamiento IVAImpacto contable
Medicamentos (partidas 29.36, 29.41, 30.01–30.04, 30.06)Analgésicos, antibióticos, antihipertensivos, insulinasExentos — tarifa 0 % (art. 477 ET, Ley 2010 de 2019)No se cobra IVA. El IVA pagado al proveedor es mayor costo, no descontable
Cosméticos y productos de bellezaCremas, maquillaje, perfumes, tintesIVA 19 %La farmacia cobra y declara IVA sobre estas ventas
Suplementos alimenticios y vitaminasMultivitamínicos, proteínas, omega-3IVA 19 % en la mayoría. Verificar partida arancelariaAlgunos pueden calificar como medicamento según notificación INVIMA
Productos de aseo personalJabón, champú, desodorante, pasta dentalIVA 19 %Gravados sin excepción
Dispositivos médicos y accesoriosTermómetros, tensiómetros, jeringas, vendasVaría: algunos exentos, otros al 19 %. Verificar partida y registro INVIMARequiere verificación producto a producto

El IVA en farmacias y droguerías: la distinción que más errores genera

Este es el punto tributario más importante y más mal entendido del sector farmacéutico en Colombia. Antes de la Ley 2010 de 2019, los medicamentos estaban excluidos de IVA. Desde esa ley, pasaron a ser exentos (tarifa 0 %). La diferencia no es semántica — tiene efectos contables y tributarios concretos que el dueño de farmacia debe entender.

ConceptoBien exento de IVA (tarifa 0 %)Bien gravado (19 %)
¿Se cobra IVA al cliente?NoSí — 19 %
¿El comercializador puede descontar IVA de compras?No — el IVA pagado es mayor costoSí — IVA descontable
¿Es responsable del IVA por esas ventas?No (comercializador)
Ejemplos en farmaciaMedicamentos partidas 29.36, 29.41, 30.01–30.04, 30.06 (art. 477 ET)Cosméticos, suplementos, aseo personal
Base legalArt. 477 ET mod. Ley 2010/2019 + Sentencia Consejo de Estado 25424/2021Art. 420 ET — tarifa general

Para el dueño de una droguería que solo vende medicamentos, el efecto práctico es que no cobra IVA, no declara IVA y no puede descontar el IVA pagado al proveedor. Si la farmacia también vende cosméticos o suplementos gravados al 19 %, entra al régimen de IVA mixto.

El régimen de IVA mixto: el caso más frecuente en droguerías colombianas

La mayoría de las droguerías en Colombia no venden únicamente medicamentos. Eso las convierte en responsables del IVA sobre las ventas gravadas, con tres obligaciones clave:

  • Separar contablemente los ingresos por ventas de medicamentos (no gravadas) de los ingresos por ventas de cosméticos y aseo (gravadas al 19 %).
  • Calcular el IVA descontable de los gastos comunes (arriendo, servicios) de forma proporcional — prorrateo del IVA (art. 490 ET).
  • Declarar el IVA sobre las ventas gravadas bimestral o cuatrimestralmente mediante el formulario 300.

No hacer el prorrateo correctamente genera sanciones por inexactitud — uno de los errores más frecuentes en droguerías medianas en Colombia.

Inventario en farmacias: cómo controlar lotes y fechas de vencimiento

El inventario de una farmacia tiene un nivel de trazabilidad que no existe en ningún otro tipo de comercio. Cada medicamento que entra tiene un número de lote, una fecha de fabricación y una fecha de vencimiento. Esa información es una obligación legal del INVIMA y del Decreto 780 de 2016.

Cuando el INVIMA emite una alerta sanitaria o retiro de lote, la farmacia debe poder identificar en minutos cuántas unidades del lote afectado tiene en bodega. Sin trazabilidad, el proceso puede tardar horas. El método más recomendado es el PEPS (Primeras en Entrar, Primeras en Salir): garantiza que los lotes más antiguos sean los primeros en venderse.

Cómo calcular las pérdidas por vencimiento

  • Dar de baja al costo de adquisición: si el medicamento costó $8.000 y su precio era $12.000, la pérdida contable es $8.000.
  • Registrar la destrucción con el protocolo INVIMA — se requiere acta con entidad gestora de residuos RESPEL.
  • El IVA pagado en la compra del medicamento que vence no puede recuperarse.

Errores más frecuentes de inventario en farmacias

  • No registrar el número de lote al momento de la entrada de mercancía.
  • Acomodar los medicamentos nuevos al frente — el método correcto es PEPS físico.
  • No revisar vencimientos mensualmente: los próximos a vencer en 90 días deben priorizarse o devolverse al proveedor.
  • No registrar devoluciones al proveedor: el inventario teórico queda inflado.
  • No costear los medicamentos de uso interno o donados.

Los costos que más afectan el margen de una droguería

CategoríaMargen bruto típicoRotaciónConsideración tributaria
Medicamentos genéricos25–40 %Alta — diariaExentos de IVA. El IVA al proveedor es mayor costo
Medicamentos de marca15–25 %Media-altaExentos de IVA. Menor margen por presión del fabricante
Medicamentos bajo fórmula20–35 %MediaExentos de IVA. Mayor fidelización
Cosméticos y belleza35–55 %Media-bajaIVA 19 %. Mayor margen pero mayor capital inmovilizado
Suplementos y vitaminas30–50 %MediaIVA 19 % en la mayoría. Verificar partida
Aseo personal20–35 %Media-altaIVA 19 %. Alta competencia con supermercados
Dispositivos médicos básicos30–45 %BajaVaría: verificar partida y registro INVIMA
Rubro% sobre ventas recomendadoSeñal de alerta
Costo de inventario55–65 %Si supera el 70 %, el margen bruto no cubre gastos fijos
Nómina total15–20 %Si supera el 25 %, hay exceso de personal
Arriendo8–12 %Si supera el 15 %, la ubicación compromete la viabilidad
Servicios y gastos administrativos3–5 %Controlable con automatización
Pérdidas por vencimientoMenos del 1 %Si supera el 2 %, el control de inventario está fallando

Estado de resultados mensual de una farmacia en Colombia 2026

Para que los porcentajes del semáforo tengan sentido, este es cómo se ve el mes de una droguería mediana con ventas de $45.000.000:

ConceptoValor mensual (COP)% sobre ventas¿Dentro del rango sano?
Ventas totales (medicamentos + cosméticos + aseo)$45.000.000100 %
De las cuales: ventas medicamentos (exentas IVA)$32.000.00071 %
De las cuales: ventas cosméticos y aseo (gravadas 19 %)$13.000.00029 %
(-) Costo de inventario vendido$27.900.00062 %✅ Dentro del rango (55–65 %)
= Utilidad bruta$17.100.00038 %
(-) Nómina total (regente + auxiliares + prestaciones)$8.100.00018 %✅ Dentro del rango (15–20 %)
(-) Arriendo$4.500.00010 %✅ Dentro del rango (8–12 %)
(-) Servicios y gastos administrativos$1.800.0004 %
(-) Pérdidas por vencimiento estimadas$270.0000,6 %✅ Por debajo del 1 %
= Utilidad operativa$2.430.0005,4 %⚠️ Margen ajustado — monitorear
IVA a pagar sobre ventas gravadas ($13M × 19 %)$2.470.000Obligación tributaria — ya está incluida en el precio de venta al cliente
= Utilidad neta estimada$2.430.0005,4 %⚠️ Margen por debajo del 8 %

Cómo calcular el punto de equilibrio de una farmacia en Colombia

El punto de equilibrio de una farmacia depende del mix de ventas entre medicamentos (menor margen) y cosméticos o suplementos (mayor margen). Cambiar la proporción del surtido puede mover el punto de equilibrio varios millones sin tocar los costos fijos.

ConceptoValor mensual
Arriendo del local$2.800.000
Nómina fija (regente + 2 auxiliares)$7.200.000
Servicios públicos$400.000
Sistema, papelería y gastos administrativos$500.000
Habilitación, seguros y otros$600.000
Total costos fijos mensuales$11.500.000

Con margen de contribución promedio del 30 % (mezcla medicamentos genéricos + cosméticos):

Punto de equilibrio = $11.500.000 / 0,30 = $38.333.333 de ventas mensuales

Si la farmacia optimiza el surtido aumentando cosméticos y suplementos, el margen promedio puede subir al 35 % y el punto de equilibrio bajar a $32.857.143 — una diferencia de más de $5 millones en ventas mensuales necesarias.

Los 5 errores contables más costosos en farmacias en Colombia

ErrorQué provocaCómo corregirlo
1. Cobrar IVA del 19 % sobre medicamentos exentosEl cliente paga de más y la farmacia recauda un IVA que no le corresponde — debe devolverlo más sancionesConfigurar correctamente la tarifa: medicamentos = 0 %, cosméticos = 19 %
2. No hacer el prorrateo del IVA en gastos comunesLa farmacia descuenta más IVA del que puede — sanciones por inexactitudCalcular trimestralmente el porcentaje de ventas gravadas sobre el total y aplicarlo (art. 490 ET)
3. No registrar el número de lote en el inventarioImposible responder ante un retiro sanitario del INVIMAExigir lote y vencimiento en cada factura de compra y registrarlos al ingreso
4. No registrar las pérdidas por vencimientoEl inventario teórico está inflado y la utilidad declarada es mayor a la realRevisión mensual de vencimientos. Dar de baja al costo con acta de destrucción
5. Mezclar ingresos de medicamentos con ingresos de cosméticos en una sola cuentaLa declaración de IVA es incorrecta y el prorrateo es imposible de calcularCrear cuentas separadas por categoría desde la configuración inicial del sistema

Facturación electrónica en farmacias: qué exige la DIAN

  • Venta al mostrador: tiquete POS válido o factura electrónica si el cliente la solicita. Para medicamentos, el tiquete debe especificar tarifa 0 % de IVA.
  • Venta a EPS, clínicas u hospitales: siempre factura electrónica completa.
  • Domicilios: factura electrónica o tiquete POS al momento del despacho.
  • Notas crédito por devoluciones: obligatorias para cualquier devolución, incluyendo medicamentos exentos.

Para los requisitos generales de contabilidad y facturación para comerciantes en Colombia, está disponible la guía de cómo llevar la contabilidad de un negocio en Colombia.

Nómina en farmacias: regentes, auxiliares y mensajeros

La nómina de una farmacia tiene una particularidad legal que no existe en casi ningún otro comercio: la presencia obligatoria de un Regente de Farmacia o Director Técnico habilitado ante la Secretaría de Salud departamental (Decreto 2200 de 2005, Resolución 1403 de 2007). Su ausencia puede generar el cierre del establecimiento por la autoridad sanitaria.

Costo real de cada empleado en 2026

Con el SMMLV 2026 en $1.750.905 y el auxilio de transporte en $249.095 (Decreto 0159 de 2026), el costo real por empleado con salario mínimo es aproximadamente $2.765.572 mensuales. Para el costo exacto según salario y nivel de riesgo ARL, está disponible la calculadora de costo de contratar un empleado en Colombia.

Recargos que aplican en farmacias con horario extendido

ConceptoRecargo 2026Aplica en farmacias
Hora nocturna (desde 8 p.m. — desde jul. 2026)35 % adicionalSí — para todas las farmacias con servicio nocturno
Hora dominical o festiva diurna75 % adicionalSí — crítico para farmacias abiertas los 365 días
Hora dominical nocturna110 % adicionalSí — farmacias 24 horas
Hora extra diurna (sobre 42 h/semana desde jul. 2026)25 % adicionalAplica si el auxiliar trabaja más de 42 horas semanales

Para los cambios de la reforma laboral, se puede consultar el artículo de reforma laboral 2026 en Colombia y la guía de cambios en la jornada laboral Colombia 2026.

Impuestos que aplican a una farmacia en Colombia

El perfil tributario de una farmacia o droguería en Colombia es uno de los más complejos del comercio al por menor, precisamente porque el régimen de IVA depende del tipo de producto que se venda — no de un criterio uniforme para todo el negocio. Una farmacia que solo vende medicamentos tiene obligaciones completamente distintas a una que también vende cosméticos y suplementos. Conocer exactamente en cuál de esos escenarios se encuentra el negocio es el primer paso antes de configurar cualquier sistema de facturación o declarar IVA.

IVA — régimen mixto como regla general

La mayoría de las droguerías colombianas están en régimen de IVA mixto. Declaran IVA (formulario 300) sobre las ventas de productos gravados al 19 % y aplican prorrateo sobre los gastos comunes. La periodicidad es bimestral si los ingresos del año anterior superaron 92.000 UVT ($4.818.408.000 en 2026), o cuatrimestral si estuvieron por debajo.

Régimen Simple de Tributación (SIMPLE)

Las droguerías con ingresos brutos anuales hasta 100.000 UVT (aprox. $5.237.400.000 en 2026) pueden optar por el SIMPLE. Para comercio al por menor, las tarifas oscilan entre 1,8 % y 5,4 %. Para droguerías con alto porcentaje de ventas de medicamentos, el SIMPLE puede ser ventajoso porque la tarifa consolidada reemplaza la obligación de declarar IVA mixto.

ICA (Industria y Comercio)

Las farmacias se clasifican en la actividad CIIU G4772. En Bogotá, la tarifa es entre 4,14 y 6,9 por mil sobre los ingresos brutos. Verificar la tarifa del municipio donde opera la farmacia.

Calendario de obligaciones de la farmacia en Colombia 2026

ObligaciónFrecuenciaFormulario¿Quién aplica?
Declaración de IVA (solo si hay ventas gravadas)Cuatrimestral o bimestral según nivel de ingresosFormulario 300Farmacias con ventas de cosméticos, suplementos o aseo personal
Retención en la fuenteMensualFormulario 350Si la farmacia actúa como agente retenedor
Declaración de rentaAnualFormulario 110 (persona jurídica) o 210 (persona natural)Todos los declarantes
ICA (Industria y Comercio)Anual o bimestral según municipio (CIIU G4772)Formulario municipalTodo establecimiento con actividad comercial
Nómina electrónicaMensual (máx. 10 días hábiles después del pago)Plataforma DIANEmpleadores obligados
Pago seguridad social y parafiscalesMensualPILATodo empleador con trabajadores dependientes
Renovación habilitación sanitariaSegún resolución de habilitación — generalmente anualSecretaría de Salud departamentalToda farmacia habilitada

🔴 Cambio julio 2026: Desde el 15 de julio de 2026, la jornada baja a 42 horas y la franja nocturna empieza a las 8 p.m. Para farmacias 24 horas o con horario nocturno extendido, más horas del turno quedan con recargo del 35 %. Ajustar los turnos antes de esa fecha evita errores en la nómina de todo el segundo semestre.

Cómo Alegra integra todo desde un solo lugar

Área de la farmaciaProducto AlegraQué resuelve
Punto de venta, inventario y facturaciónAlegra POSAplica tarifa 0 % a medicamentos exentos y 19 % a cosméticos automáticamente. Registra lote y vencimiento. Alerta vencimientos próximos. Emite tiquetes POS y facturas electrónicas DIAN
Nómina y personalAlegra NóminaLiquida turnos rotativos con recargos nocturnos y dominicales actualizados Reforma Laboral 2026. Genera colillas y nómina electrónica
Contabilidad y finanzasAlegra ContabilidadSepara ingresos de medicamentos (no gravados) e ingresos de cosméticos (gravados). Calcula el prorrateo del IVA. Estados financieros por categoría en tiempo real

Para el flujo de caja, está disponible el artículo de flujo de caja para pymes en Colombia. Para el cluster completo, se pueden consultar los artículos de contabilidad para restaurantes y contabilidad para ferreterías.

Preguntas frecuentes del dueño de farmacia

Estas son las dudas más frecuentes entre dueños de droguería y farmacia al organizar su contabilidad o enfrentarse a una obligación tributaria nueva. Cada respuesta está basada en la normativa vigente a mayo de 2026, incluyendo la Ley 2010 de 2019 que cambió el tratamiento de los medicamentos de excluidos a exentos. Para situaciones específicas — farmacias con EPS, puntos de dispensación bajo contrato, o establecimientos con actividades mixtas — la consulta con un contador especializado en el sector salud es indispensable.

¿Los medicamentos tienen IVA en Colombia?

No se cobra IVA al cliente. Desde la Ley 2010 de 2019, los medicamentos de las partidas 29.36, 29.41, 30.01–30.04 y 30.06 son exentos del IVA (art. 477 ET) — gravados a tarifa 0 %. El comercializador no recauda IVA por esas ventas y no puede descontar el IVA pagado al proveedor.

¿Una droguería que también vende cosméticos debe declarar IVA?

Sí. Los cosméticos, aseo personal y suplementos están gravados al 19 %. La droguería debe separar esos ingresos, aplicar prorrateo sobre gastos comunes (art. 490 ET) y declarar el formulario 300 bimestral o cuatrimestralmente.

¿Qué pasa si la farmacia vende un medicamento vencido?

El INVIMA puede imponer sanciones desde multas hasta el cierre definitivo del establecimiento (Ley 9 de 1979, Decreto 2200 de 2005). En la contabilidad, el medicamento vencido se da de baja al costo y se destruye con protocolo RESPEL.

¿Es obligatorio tener un regente de farmacia?

Sí. Toda farmacia habilitada debe contar con un Regente de Farmacia o Director Técnico (Decreto 2200 de 2005, Resolución 1403 de 2007). Sin esa figura, la autoridad sanitaria puede cerrar el establecimiento. Es un costo fijo que debe estar en el presupuesto desde el primer mes.

¿Cómo afecta la reforma laboral 2026 a una farmacia 24 horas?

Desde el 15 de julio de 2026, la jornada baja a 42 horas semanales y la franja nocturna empieza a las 8 p.m. Para farmacias con horario extendido, más horas quedan con recargo del 35 %. Ajustar los turnos antes del 15 de julio es la medida más importante para controlar el impacto en nómina.

¿Una farmacia pequeña está obligada a llevar contabilidad?

Sí. Todo comerciante está obligado por el artículo 19 del Código de Comercio. Además, las obligaciones sanitarias del INVIMA y la trazabilidad por lote exigen registros que en la práctica equivalen a llevar contabilidad de inventario aunque no hubiera obligación comercial.

Alegra POS aplica automáticamente la tarifa correcta de IVA para cada producto y registra lotes y vencimientos. Alegra Nómina liquida los turnos rotativos con los recargos actualizados por la Reforma Laboral 2026. Alegra Contabilidad separa los ingresos por categoría tributaria y calcula el prorrateo del IVA sin intervención manual.

Fuentes

👓 En resumen...

Llevar la contabilidad de una farmacia en Colombia exige manejar simultáneamente el régimen mixto de IVA (medicamentos exentos al 0 % + cosméticos al 19 %), el control de inventario por lote y fecha de vencimiento, la nómina con turnos rotativos y recargos nocturnos y dominicales, y el prorrateo del IVA en los gastos comunes. Ninguno de esos cuatro frentes puede simplificarse sin riesgo de sanciones sanitarias o tributarias.

Imagen de Dana Becerra

Dana Becerra

contadora pública, especialista en Gerencia Tributaria y Auditoría de Impuestos, con pasantía académica en la Universidad Nacional Autónoma de México —UNAM—. Actualmente cursa una especialización en Marketing Digital & E-Commerce.Cuenta con más de 8 años de experiencia en la creación de contenido editorial y digital especializado en temas contables, tributarios y laborales para Latinoamérica. Su perfil combina criterio técnico, visión estratégica de contenido y capacidad para traducir normativa compleja en información clara, útil y accionable para contadores, empresarios y emprendedores.Su trabajo se enfoca en construir contenidos confiables, actualizados y orientados a la toma de decisiones empresariales, con respaldo normativo y enfoque práctico.
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Dana Becerra

contadora pública, especialista en Gerencia Tributaria y Auditoría de Impuestos, con pasantía académica en la Universidad Nacional Autónoma de México —UNAM—. Actualmente cursa una especialización en Marketing Digital & E-Commerce.Cuenta con más de 8 años de experiencia en la creación de contenido editorial y digital especializado en temas contables, tributarios y laborales para Latinoamérica. Su perfil combina criterio técnico, visión estratégica de contenido y capacidad para traducir normativa compleja en información clara, útil y accionable para contadores, empresarios y emprendedores.Su trabajo se enfoca en construir contenidos confiables, actualizados y orientados a la toma de decisiones empresariales, con respaldo normativo y enfoque práctico.
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Actualizado el 12 mayo, 2026
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