Cuando un trabajador presenta una incapacidad laboral en Colombia, tu empresa debe saber inmediatamente quién paga ese tiempo: el empleador, la EPS o la ARL. La respuesta depende del origen (común o laboral) y del número de días de incapacidad. Aplicar incorrectamente estas reglas puede costarle a tu empresa el pago retroactivo más la sanción moratoria del artículo 65 del CST, o generar reclamaciones del trabajador ante el MinTrabajo.
🔴 Datos clave de las incapacidades laborales 2026: el empleador paga los primeros 2 días de incapacidad de origen común (100% del salario) · la EPS paga del día 3 al 90 (66,66% del IBC) y del día 91 al 180 (50% del IBC) · desde el día 181 asume el fondo de pensiones · la incapacidad de origen laboral la paga la ARL desde el primer día al 100% del IBC · el valor mínimo de la incapacidad no puede ser menor a un SMMLV ($1.750.905 en 2026) · el plazo máximo para radicar el recobro ante EPS o ARL es de 3 años.
¡Sigue leyendo! Aquí vas a encontrar la diferencia entre incapacidad de origen común y laboral, quién paga en cada caso, cómo se calcula el valor de la incapacidad con ejemplos 2026, cómo tramitar el recobro ante EPS o ARL, plazos legales y qué pasa si tu empresa no reporta la incapacidad a tiempo. 👇
⚠️ Nota importante
La confusión más frecuente en empresas colombianas es no distinguir entre incapacidad de origen común y de origen laboral. La de origen común la paga la EPS del día 3 al 180 (con reglas distintas según el tramo); la de origen laboral la paga la ARL desde el día 1 al 100%. Aplicar la regla equivocada puede exponer a tu empresa a pagar de más (perdiendo la posibilidad de recobrar) o de menos (activando reclamaciones del trabajador).
¿Qué es una incapacidad laboral en Colombia?
Una incapacidad laboral es el reconocimiento médico de la imposibilidad temporal del trabajador para prestar sus servicios por una enfermedad o accidente. Está regulada por el Sistema General de Seguridad Social en Salud (Ley 100 de 1993) y por el Sistema General de Riesgos Laborales (Ley 1562 de 2012), dependiendo del origen.
Existen 2 tipos principales según la causa de la incapacidad, y esta distinción determina quién paga y con qué porcentaje:
- Incapacidad de origen común: se genera por enfermedad general (gripa, dolor de espalda no relacionado con el trabajo, etc.) o accidente no laboral (accidente de tránsito en un día libre, caída en casa). La cubre la EPS.
- Incapacidad de origen laboral: se genera por accidente de trabajo (durante el ejercicio de la labor) o enfermedad laboral (relacionada causalmente con el trabajo). La cubre la ARL.
💡 #AlegraDato
El valor de la incapacidad no puede ser menor a un SMMLV ($1.750.905 en 2026). Si el cálculo proporcional queda por debajo de este monto, la empresa (o la EPS/ARL según el caso) debe pagar el SMMLV completo para el mes en que se presente la incapacidad. Con Alegra Nómina, el cálculo del auxilio por incapacidad se hace automáticamente con el SMMLV vigente y las reglas de EPS/ARL según el origen y los días de incapacidad.
Diferencia entre incapacidad de origen común y laboral
La diferencia entre ambos tipos de incapacidad es fundamental porque cambia quién paga y con qué porcentaje. Es importante que tu área de talento humano conozca los criterios de clasificación para reportar correctamente cada caso ante la entidad correspondiente:
Incapacidad de origen común
Se produce por enfermedad general o accidente no laboral (no relacionado con el ejercicio del trabajo). Ejemplos: gripa, dolor de estómago, caída en la casa un domingo, migraña. La certifica el médico de la EPS o de una IPS.
Incapacidad de origen laboral
Se produce por accidente de trabajo (durante el ejercicio de la labor o por causa de esta) o por enfermedad laboral (afección reconocida por su relación causal con el trabajo, según la Tabla de Enfermedades Laborales del Decreto 1477 de 2014). Ejemplos: fractura en un accidente de trabajo, síndrome del túnel carpiano por uso intensivo de computadora, hipoacusia por ruido laboral. La certifica el médico de la EPS o de una IPS, pero es la ARL la que asume el pago.
Tabla 1 · Incapacidad de origen común vs. laboral Colombia 2026
| Aspecto | Origen común | Origen laboral |
|---|---|---|
| Causa | Enfermedad general o accidente no laboral | Accidente de trabajo o enfermedad laboral |
| Entidad que paga | Empleador (días 1-2) + EPS (días 3+) | ARL desde el día 1 |
| Porcentaje del IBC | 66,66% (días 3-90) / 50% (días 91-180) | 100% desde el día 1 |
| Días máximos EPS/ARL | Hasta 180 días (EPS), luego pasa al fondo | Hasta que se recupere o se declare invalidez |
| Marco legal | Ley 100 de 1993 | Ley 1562 de 2012 |
¿Quién paga la incapacidad laboral en Colombia 2026?
Esta es la pregunta más frecuente en áreas de talento humano. La respuesta depende del origen de la incapacidad y del número de días transcurridos. La regla es distinta para cada tipo y para cada tramo de tiempo:
Tabla 2 · Quién paga la incapacidad según el origen y los días Colombia 2026
| Origen | Días de incapacidad | Quién paga | Porcentaje del IBC |
|---|---|---|---|
| Común | Días 1 y 2 | Empleador | 100% (o 66,66% según convención colectiva) |
| Común | Días 3 al 90 | EPS | 66,66% |
| Común | Días 91 al 180 | EPS | 50% |
| Común | Días 181 al 540 | Fondo de Pensiones | 50% |
| Común | Más de 540 días | Fondo de Pensiones (análisis de invalidez) | Depende del caso |
| Laboral | Desde el día 1 | ARL | 100% del IBC |
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¿Cómo se calcula el auxilio por incapacidad? Ejemplo 2026
El cálculo del auxilio por incapacidad varía según el origen (común o laboral) y el número de días. La base para el cálculo es el Ingreso Base de Cotización (IBC) del trabajador, que corresponde al salario reportado a seguridad social. Aquí te muestro el cálculo con un ejemplo práctico:
Ejemplo: incapacidad de origen común por 15 días
Colaboradora: Juliana, ejecutiva de cuenta con salario base (IBC) de $3.000.000 mensuales.
Situación: incapacidad de origen común por gripa fuerte, 15 días continuos.
Cálculo:
- Salario diario = $3.000.000 ÷ 30 = $100.000
- Días 1 y 2 (empleador): 2 × $100.000 = $200.000 (100% del salario)
- Días 3 al 15 (EPS): 13 días × $100.000 × 66,66% = $866.580
- Total auxilio: $200.000 + $866.580 = $1.066.580
Resultado: la empresa adelanta los primeros 2 días y luego recobra ante la EPS los días 3-15. Total pagado por la empresa a Juliana en la nómina del mes: el auxilio completo ($1.066.580) menos las deducciones normales. El recobro ante la EPS se hace después.
Ejemplo: incapacidad de origen laboral por 10 días
Colaborador: Andrés, operario de bodega con salario base (IBC) de $2.000.000 mensuales.
Situación: accidente de trabajo (caída con un pallet en la bodega), incapacidad de 10 días.
Cálculo:
- Salario diario = $2.000.000 ÷ 30 = $66.667
- Días 1 al 10 (ARL): 10 × $66.667 = $666.670 (100% del IBC)
- La empresa adelanta el pago con la nómina y recobra el 100% ante la ARL.
Resultado: Andrés recibe su salario íntegro del mes. La empresa recupera $666.670 ante la ARL con el reporte del accidente de trabajo y la incapacidad médica correspondiente.
🚀 #TipAlegra
Con Alegra Nómina registras la incapacidad como concepto independiente en la nómina electrónica ante la DIAN con el porcentaje correcto (66,66% o 100% según el origen), calculas automáticamente el auxilio proporcional y llevas el histórico de recobros ante EPS y ARL. El sistema alerta cuando falta radicar el recobro para no perder el plazo de 3 años.
¿Cómo tramitar el recobro de la incapacidad ante EPS o ARL?
El empleador adelanta el pago de la incapacidad en la nómina del trabajador y luego recobra el valor ante la EPS (origen común) o la ARL (origen laboral). El proceso de recobro tiene 5 pasos que debes cumplir dentro del plazo máximo de 3 años desde la fecha de la incapacidad, so pena de prescripción del derecho:
- Recibir el certificado de incapacidad médica emitido por la EPS o IPS con firma del médico tratante y número de registro.
- Reportar el accidente de trabajo (si es laboral) ante la ARL dentro de los 2 días hábiles siguientes al hecho (FURAT).
- Adelantar el pago en la nómina del trabajador con el porcentaje correspondiente al origen y días de incapacidad.
- Radicar la solicitud de recobro ante la EPS o ARL con: certificado de incapacidad, historia clínica, planilla de pagos de aportes al SGSSS y cálculo del valor recobrable.
- Recibir el reembolso por transferencia bancaria y registrar el ingreso en la contabilidad de la empresa.
Sanciones y consecuencias de no manejar bien las incapacidades
Los errores en el manejo de incapacidades tienen consecuencias distintas para la empresa. Estas son las más frecuentes que debes evitar:
Tabla 3 · Consecuencias de errores en el manejo de incapacidades Colombia 2026
| Error | Consecuencia | Base legal |
|---|---|---|
| No pagar la incapacidad al trabajador | Sanción moratoria: 1 día de salario por día de retraso, hasta 24 meses | Art. 65 CST |
| No reportar el accidente de trabajo a la ARL en 2 días hábiles | Multa hasta 500 SMMLV = hasta $875.452.500 en 2026 | Ley 1562 de 2012 |
| No radicar el recobro dentro de 3 años | Prescripción del derecho — empresa asume el costo total | Art. 488 CST |
| Descontar aportes a seguridad social durante incapacidad | Reclamación del trabajador y pago retroactivo | Ley 100 de 1993 |
| Terminar contrato de trabajador incapacitado sin autorización | Reintegro + indemnización + estabilidad laboral reforzada | Art. 26 Ley 361 de 1997 |
⚠️ Nota importante
Un trabajador incapacitado tiene estabilidad laboral reforzada. No puedes terminar su contrato durante la incapacidad ni por causa relacionada con esta, sin autorización previa del Inspector del Trabajo. Un despido en período de incapacidad se considera nulo y da derecho al reintegro, pago retroactivo de salarios y una indemnización de 180 días de salario.
Otras preguntas frecuentes sobre incapacidades laborales Colombia 2026
¿Quién paga la incapacidad los primeros dos días en Colombia?
Para las incapacidades de origen común, los primeros 2 días los paga el empleador al 100% del salario del trabajador. Del día 3 al 90 los paga la EPS al 66,66% del IBC. Del día 91 al 180, la EPS paga al 50%. Para incapacidades de origen laboral, la ARL paga desde el día 1 al 100% del IBC.
¿Cuánto es el valor mínimo de una incapacidad laboral?
El valor de la incapacidad no puede ser menor a un SMMLV, que en 2026 es de $1.750.905. Si el cálculo proporcional queda por debajo, se debe pagar el SMMLV completo para el mes en que se presente la incapacidad, según la Ley 100 de 1993.
¿Cuánto tiempo tengo para radicar el recobro de la incapacidad?
El plazo máximo es de 3 años desde la fecha de la incapacidad (artículo 488 del CST). Después de ese plazo prescribe el derecho y la empresa asume el costo total sin poder recobrar ante la EPS o ARL.
¿Se siguen pagando los aportes a seguridad social durante la incapacidad?
Sí. Durante la incapacidad se siguen pagando los aportes a salud, pensión y parafiscales sobre el IBC del trabajador. El empleador continúa su parte y descuenta la parte del trabajador (4% salud + 4% pensión) del auxilio pagado.
¿Puedo despedir a un trabajador incapacitado?
No, sin autorización previa del Inspector del Trabajo. Un trabajador incapacitado tiene estabilidad laboral reforzada (Ley 361 de 1997) y no puede ser despedido durante la incapacidad ni por causa relacionada. Hacerlo activa reintegro, pago retroactivo e indemnización de 180 días de salario.
¿Las incapacidades cuentan como tiempo laborado para prestaciones sociales?
Sí. Los días de incapacidad se consideran tiempo efectivo de servicio para el cálculo de vacaciones, cesantías, prima y demás prestaciones sociales. No se descuentan del tiempo laborado ni afectan la antigüedad del trabajador.
¿Cómo se reporta un accidente de trabajo a la ARL?
Mediante el Formulario Único de Reporte de Accidente de Trabajo (FURAT), dentro de los 2 días hábiles siguientes al accidente. Se radica en el portal web de la ARL con el detalle del hecho, testigos, causa probable y las medidas correctivas adoptadas. No reportar oportunamente activa multas hasta 500 SMMLV.
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Fuentes oficiales
- Ley 1562 de 2012 — Sistema General de Riesgos Laborales. Secretaría del Senado de Colombia.
- Ley 100 de 1993 — Sistema General de Seguridad Social. Secretaría del Senado.
- Ley 361 de 1997 — Estabilidad laboral reforzada. Gestor Normativo, Función Pública.
- Código Sustantivo del Trabajo — artículos 65, 227 y 488. Secretaría del Senado de Colombia.
- Ministerio del Trabajo de Colombia. Regulación de incapacidades laborales y sistema de riesgos laborales.
- Ministerio de Salud y Protección Social. Reglas de recobro de incapacidades y sistema general de salud.
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